2006年3月，将梅溪乡的齐石、分水垅、白石岭、金凤桥、监申桥、梅子市等6个行政村划归经济技术开发区管辖。将岳阳经济技术开发区的站前路街道办事处整体划入岳阳楼区，设德胜、铁路、西瓜山、望城岭、新站等5个社区居委会。另有5个街道办事处分别增设1个社区居委会，其中岳阳楼街道办事处增设北门居委会，三眼桥街道办事处增设尚书山居委会，洛王街道办事处增设雷锋山居委会、冷水铺街道办事处增设长动社区居委会。居委会增加到87个，行政村减至15个。12月18日，将区住房公积金管理中心并入市住房公积金管理中心，收归市管。

　　2007年7月，进行自建区以来规模最大的一次区划调整，涉及到全区所有的乡、街道办事处。新增街道办事处1个，更名街道办事处3个。区划调整后，城陵矶街道办事辖6个社区、1个行政村；梅溪乡辖5个行政村、4个社区；冷水铺街道办事处更名为望岳路街道办事处，辖5个社区；洞庭街道办事处辖5个社区；岳阳楼街道办事处辖7个社区；吕仙亭街道办事处辖8个社区；东茅岭街道办事处辖6个社区；金鹗山街道办事处辖10个社区；新路口街道办事处更名为枫桥湖街道办事处；辖6个社区；站前路街道办事处辖区5个社区；五里牌街道办事处辖7个社区；三眼桥街道办事处辖7个社区；洛王街道办事处辖6个社区；新成立的王家河街道办事处辖5个社区；北港街道办事处更名为奇家岭街道办事处，辖5个社区、1个行政村；郭镇乡调整后辖8个行政村。街道办事处由2006年的13个增至14个。社区居委会由2006年的87个增至93个，行政乡和行政村数量未变。

　　2008年，全区共有行政乡2个、街道办事处14个；行政村15个、居委会93个。

　　2009年，增加4个副科级行政支持类事业单位，其中升格2个、新设2个；更名1个正科级行政支持类事业单位。4月，原岳阳楼区新型农村合作医疗管理办公室由正股级升格为副科级；7月，原岳阳楼区城市居民个最低生活保障中心由正股级升格为副科级，并更名为岳阳楼区社会救助管理局；8月，正是发文成立岳阳楼区控建拆违工作办公室；11月，成立岳阳楼区市容环境卫生管理局。7月，原岳阳楼区农村经营管理中心更名为岳阳楼区经营管理局。3月，新成立吕仙亭街道办事处三角线社区。至年底，全区行政乡、街道办事处和行政村数量未变，社区居委会增加到94个。

　　2010年6月，成立岳阳楼区城市建设投资管理中心，加挂岳阳楼区城市建设投资责任有限公司牌子，为正科级行政支持类事业单位。5月和8月，先后成立金颚山街道办事处重湖社区、五里牌街道办事处运通街社区。至年底，全区社区居委会由原来的94个增加到96个，行政乡、街道办事处和行政村数量未变 。